Patrozinium:
St. Sebastian, 20. Januar.
Baugeschichte:
Zu Beginn des 16. Jahrhunderts wird der Friedhof um die Stadtpfarrkirche an die nordöstliche Ecke der Stadtmauer, östlich des Münzgebäudes, verlegt. Aber erst im 19. Jahrhundert erfolgen Bestattungen ausschließlich auf diesem Friedhof. Die am Friedhof neu erbaute Kirche wird dem hl. Sebastian geweiht. Sie ist erstmals in einer Urkunde 1528 erwähnt, in der Bürgermeister und Rat der Stadt Schongau um Verlegung der Mess-Stiftung des St. Veits- und Nicolai-Altars in die Friedhofskapelle beim Augsburger Bischof nachsuchen. Der erste Bau ist allerdings so mangelhaft ausgeführt, dass schon bald eine Erneuerung von Grund auf nötig wird, da die ständigen Reparaturkosten eine große Belastung für die Pfarrei waren. Der heutige Bau stammt aus dem 18. Jahrhundert, 1774 wird er eingeweiht. Die Turmhaube ist aus der Zeit um 1820.
Als Künstler sind in den Kirchenrechnungen genannt: Die Maler Matthias Augustin (+1695) und Veit Benno Lederer (+1745), die den Choraltar fassten. Die drei Holzfiguren Benno, Rochus, Sebastian schuf der Schongauer Bildhauer und Bürgermeister Johann Pöllandt, gefasst sind sie von Josef Fronwieser (+1717). Ein Seitenaltarblatt (Hl. Leonhard) ist signiert von F. A. Wassermann.
Außenbau:
An den geosteten Chor der Kirche ist auf der Südseite der Turm angebaut. Die früher an der Außenwand zahlreich eingemauerten alten Grabmäler aus dem 17. und 18. Jahrhundert (unter anderem das des Bildhauers Hans Reichl) wurden bei der Renovierung 1982 zur Sicherung im Kircheninneren angebracht. Außen ziert die Kirche lediglich das Traufgesims.
Innen ist die Kirche klar gegliedert in Chorraum und Langhaus mit eingezogener Empore. Stuckiert sind nur die Wandpfeiler- und Pilastersimse. Bemerkenswert an der innen schlicht ausgestalteten Kirche ist der Choraltar, den Kunsthistoriker als Vorläufer des illusionistischen Hochaltars von Dominikus Zimmermann in der Landsberger Johanneskirche sehen. Der bühnenbildartig anmutende Altar besteht aus einem gefassten Holzaufbau, vor den Pilastern an der Altarrückwand, nach innen versetzt, zwei vorgezogene Säulen, statt eines Altarblatts Figur des Hl. Sebastian, durchbohrt von Pfeilen, bekrönt mit Strahlengloriole, flankiert von Wolkenkulissen, als Prospekt gemalte Waldlandschaft. Auffällig ist die geschickte Beleuchtung der Szene durch indirektes Seitenlicht von den Chorfenstern.
Linker Seitenaltar: Altarbild: Hl. Wendelin; Oberbild: Hl. Florian
Rechter Seitenaltar: Altarbild: Hl. Leonhard; Oberbild: Hl. Magnus von Füssen
Leider hat sich die barocke Fassung der Altäre und Figuren der Sebastianskirche nicht erhalten, da sie Ende des 19. Jahrhunderts im damaligen Geschmack umgestaltet wurden.